IPythonには、設定ファイルが存在していまして
Windowsの場合は、ホームディレクトリに"_ipython"という
ディレクトリが出来上がっているはずです。
その中に、
ipythonrc.ini
というファイルがあります。これがIPythonの設定ファイルです。
この中に設定を行えば、起動時に処理が行われるようになります。
私の場合は、通常のPython対話シェル用にPYTHONSTARTUPを設定していまして
その起動ファイル内で、よく使うモジュールなどをまとめてimportしたりしています。
IPythonは起動時にPYTHONSTARTUPを見てくれないので、上記のipythonrcファイルに
設定を行います。
ipythonrcファイルのexecfileセクションは、指定したファイルを起動時に実行してくれる
ものです。ここに、PYTHONSTARTUPで指定しているファイルを起動すれば同じ事になります。
以下、例です。
execfile ~/.pythonstartup.py
私の場合は、ホームディレクトリに置いてますので上記でオッケイでした。